Le SGN-C est organisé autour de trois organes statutaires principaux :
1. Le Conseil d’Administration
Chargé de définir les orientations stratégiques et d’assurer le pilotage général de l’établissement.
2. La Direction Générale
Structure exécutive chargée de la gestion quotidienne des activités techniques, administratives et scientifiques.
3. Le Collège des Commissaires aux Comptes
Organe indépendant contrôlant la régularité financière et administrative de l’établissement.
La Direction Générale comprend plusieurs services techniques spécialisés couvrant :
- la cartographie géologique,
- la géophysique,
- la télédétection,
- la géochimie,
- la gestion des données géoscientifiques,
- la conservation du patrimoine géologique.